สัญญาณประสาทส่วนหนึ่ง จะย้อนออกไปจากไขสันหลังเกิด เป็นวงจรสะท้อนกลับ(reflex) ไปทำให้มีการเปลี่ยนแปลงของเนื้อเยื่อ อวัยวะ บริเวณใกล้เคียงที่ถูกเข็มปัก เช่น มีการขยายตัวของหลอด เลือด มีการคลายตัวของกล้ามเนื้อที่หดเกร็ง เป็นต้น

สัญญาณประสาทอีกบางส่วน จะเคลื่อนที่ขึ้นไป ตามไขสันหลัง เข้าไปกระตุ้นศูนย์เซลล์ประสาทในสมอง ทำให้มีการหลั่ง “สารสื่อสัญญาณประสาท” (neurotransmitter) ต่างๆออกมาจากเซลล์ ประสาทหลายชนิด ที่สำคัญมากได้แก่ สารเอนดอร์ฟิน(endorphin) พร้อมกับทำให้มีการส่งสัญญาณประสาทย้อนลงมาจากสมองอีกด้วย

สัญญาณประสาทที่ส่งออกมาพร้อมกับสารสื่อสัญญาณประสาทที่หลั่งออกมาจากสมองนั้น จะก่อให้เกิดผลต่างๆตามมาหลายอย่าง อาทิเช่น

ยับยั้งความรู้สึกเจ็บปวดที่เกิดขึ้นเมื่อร่างกายได้รับอันตราย

ปรับการทำงานของอวัยวะและระบบต่างๆที่เสียสมดุลไปให้กลับสู่สภาพสมดุลตามปกติ

ควบคุมการหลั่งฮอร์โมนหลายอย่างให้อยู่ในสภาพที่เหมาะสม เพื่อปรับให้อวัยวะต่างๆ ทำงานอย่างสมดุลเป็นปกติ

กระตุ้นปรับระบบภูมิคุ้มกันของร่างกายให้อยู่ในสภาพปกติ เพื่อยับยั้งปฏิกิริยาภูมิแพ้ไวเกิน ยับยั้งปฏิกิริยาการอักเสบ

กระตุ้นการไหลเวียนของเลือดบริเวณที่ปักเข็มและเนื้อเยื่อใกล้เคียง ช่วยลดการคั่งของเลือด,น้ำเหลืองและสารน้ำในเนื้อเยื่อ ช่วยทำให้มีสารอาหารและออกซิเจนไปหล่อเลี้ยงเนื้อเยื่อบริเวณนั้นเพิ่มขึ้น ขณะเดียวกันก็ทำให้สารของเสียที่คั่งค้างบริเวณนั้นลด น้อยลง ทำให้เนื้อเยื่อบริเวณที่มีการบาดเจ็บ ได้รับการซ่อมแซมให้กลับคืนสู่สภาพปกติได้

ปรับการทำงานของกล้ามเนื้อ ทำให้กล้ามเนื้อที่หดเกร็งคลายตัว แก้ไขภาวะเกร็ง ตรงกันข้ามฝังเข็มยังช่วยทำให้กล้ามเนื้อ หดตัวได้แรงขึ้น แก้ไขภาวะกล้ามเนื้อลีบ เพิ่มแรงในการเคลื่อนไหว

ด้วยเหตุที่การฝังเข็มมีฤทธิ์กระตุ้นการทำงานของระบบภายในร่างกายได้ค่อนข้างมาก จึงไม่แปลกเลยว่า ฤทธิ์ในการรักษาโรค ของการฝังเข็มจึงกว้างขวางมากเช่นกัน ดังรายชื่อตัวอย่างโรคและอาการผิดปกติต่างๆที่สามารถฝังเข็มรักษาได้ ตามการรับรองของ องค์การอนามัยโลก(การฝังเข็มรักษาโรคอะไรได้บ้าง)

เข็มที่ปักลงไปนั้นไม่มีการใช้ยาหรือสารเคมีใดๆเคลือบหรือใส่ลงไปด้วย ฤทธิ์ในการรักษาโรคเกิดจากการกระตุ้นระบบต่างๆภาย ในร่างกายให้ปรับตัวเองสู่ภาวะสมดุล การฝังเข็มจึงไม่มีอันตรายจากการใช้เกินขนาด(overdose) หรือ การเกิดพิษ (intoxication) เหมือนเช่นกับการใช้ยา

อย่างไรก็ตาม การฝังเข็มมิใช่ “เข็มวิเศษ” ที่สามารถจะรักษาได้ทุกโรคหรือทุกคน มันมีขีดจำกัดอยู่เช่นกัน ถ้าเป็นโรคที่มีพยาธิ สภาพของอวัยวะเสียหายรุนแรงหรือเป็นเรื้อรังมานาน ผู้สูงอายุหรือวัยชราที่อวัยวะต่างๆของร่างกายเสื่อมสภาพมาก ไม่ว่าจะ ฝังเข็ม กระตุ้นอย่างไร ร่างกายก็อาจจะไม่ตอบสนอง การรักษาก็อาจจะไม่ได้ผลดีตามที่คาดคิดเอาไว้ก็ได้ จึงต้องพิจารณาผลการรักษาเป็น รายๆไป